Bublinkový čaj môže mať skryté nevýhody kvôli tapiokovým perličkám vyrobeným z manioku, ktoré absorbujú ťažké kovy ako olovo[1]. V veľkom množstve môžu tieto perly spomaliť trávenie alebo spôsobiť upchatie[1]. Nápoj často obsahuje viac cukru ako sóda, čo zvyšuje riziko dutín, obezity, cukrovky a stukovatenia pečene[1]. Správy spájajú častú konzumáciu bublinkového čaju s obličkovými kameňmi a horším duševným zdravím[1]. Všetky testované nápoje obsahovali viac cukru ako horná hranica 25 g denne podľa WHO[1]. Vysoký obsah cukru prispieva k zubnému kazu, nadváhe, obezite, kardiovaskulárnym ochoreniam, cukrovke a niektorým typom rakoviny[1]. Pravidelná konzumácia nie je vhodná najmä pre deti[1].