Rakovina krčka maternice spôsobuje celosvetovo značnú chorobnosť a úmrtnosť, najmä v oblastiach s obmedzeným prístupom k očkovaniu a skríningu proti HPV. Pretrvávajúca infekcia vysoko rizikovými genotypmi HPV, najmä HPV-16 a HPV-18, je primárnou iniciačnou udalosťou v jej vzniku, no nevysvetľuje, prečo sa ochorenie vyvinie len u podskupiny infikovaných. Cervikovaginálny mikrobióm ovplyvňuje epiteliálnu bariéru, lokálnu imunitu a zápalovú rovnováhu. Komunity s dominujúcim Lactobacillus crispatus sú spojené s antivírusovými stavmi a stabilitou sliznice, zatiaľ čo profily obohatené anaeróbmi (CST IV) vedú k chronickému zápalu a závažnejším léziám. Mikrobiálne metabolity interagujú s onkogénmi HPV a epigenetickou reguláciou hostiteľa. Štúdie spájajú mikrobióm s perzistenciou HPV, cervikálnou intraepiteliálnou neopláziou (CIN) a progresiou rakoviny. Potenciálne sú biomarkery z mikrobiómu a intervencie ako probiotiká, no dôkazy sú obmedzené metodologickou heterogenitou.