Multiomická integrácia jednobunkovej transkriptomiky a údajov hromadného sekvenovania identifikuje kľúčové biomarkery a prediktívne modely pre klasifikáciu podtypov IBD

Návrat na zoznam správ

Zdroj: Frontiers Medicine

Originál: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2026.1729642...

Publikované: 2026-03-19T00:00:00Z

Štúdia integrovala údaje o jednobunkovom sekvenovaní RNA periférnej krvi (GSE125527) a hromadnom sekvenovaní (GSE75214) od pacientov s ulceróznou kolitídou (UC) a Crohnovou chorobou (CD), aby identifikovala molekulárne rozdiely. Analýza odhalila u pacientov s UC IL-17A+ efektorové pamäťové T bunky a obohatené migračné dráhy leukocytov, zatiaľ čo u CD dominovali procesy aktivácie imunitných buniek IL-1β a B-produkcie. Krížová integrácia identifikovala 43 konzistentne dysregulovaných génov a 10 hub génov (THBS1, PLAUR, KLF4, CD36, CD44, CXCR4, FOS, S100A9, ANXA1, TIMP1). 18-génový model strojového učenia dosiahol AUC 0,73 v nezávislej validácii (GSE179285). Silné biomarkery LDHB, MGAT4A a PSME2 mali obmedzené predchádzajúce hlásenia v klasifikácii UC/CD. Immunohistochemická validácia potvrdila expresiu špecifickú pre podtyp: GZMA a PSME2 zvýšené v CD, LDHB a FOSB v UC. Prístup odhalil rozdiely v imunitnej regulácii, metabolizme a prestavbe tkaniva.