Mnohé vakcíny poskytujú nepriame zdravotné výhody okrem priamej ochrany očkovaných osôb[1][3]. Tieto výhody vznikajú znížením prenosu patogénov v populácii, čo chráni aj neočkovaných, tzv. herd protection[1][2]. Napríklad vakcína PCV7 u dojčiat do 2 rokov znížila incidenciu invazívnej pneumokokovej choroby o 81 % u dospelých nad 65 rokov vo Veľkej Británii[1]. Vakcína proti osýpkam zabraňuje „imunitnej amnézii“, čím znižuje úmrtnosť na iné ochorenia ako pneumónia a hnačka[3]. BCG vakcína okrem tuberkulózy zlepšuje „trénovanú imunitu“ a znižuje celkovú úmrtnosť detí, slúži aj na liečbu rakoviny močového mechúra[3]. Vakcíny proti chrípke, RSV a pneumokokom znižujú riziko kardiovaskulárnych príhod u starších dospelých[5]. Ľudia nad 60 rokov očkovaní proti chrípke mali o 40 % nižšie riziko Alzheimerovej choroby počas nasledujúcich 6 rokov[3]. Vakcína proti pásom znižuje riziko demencie o 20–30 %[3].