Hypotalamické hodiny riadia cirkadiánnu bolesť tým, že rytmicky ovplyvňujú citlivosť na bolesť. Suprachiazmatické jadro (SCN) v hypotalame je hlavný pacemaker cirkadiánneho systému cicavcov a synchronizuje cirkadiánne rytmy v celom tele. SCN koordinuje fyziologické rytmy vrátane aktivity, spánku, teploty tela a sekrécie hormónov. Hypotalamické A11 jadrá regulujú cirkadiánny rytmus mechanonocicepcie v mieche prostredníctvom dopamínových receptorov a génov hodín. Porucha patológie A11 znižuje obsah dopamínu v lumbálnej mieche, čo vedie k strate rytmu. Na rýchlom časovom meradle hypotalamické hodinové okruhy rytmicky bránia citlivosti na nociceptívne podnety a určujú, kedy je bolesť najvýraznejšia. Tieto interakcie ukazujú dvoj smerné vzťahy medzi cirkadiánnymi rytmami a bolesťou.[1][2][4][5]