EpiLink: simulačný model kompatibility pre genomické zhlukovanie prenosu pri sledovaní infekčných chorôb

EpiLink je nová metóda na identifikáciu nedávno prepojených prípadov infekčných chorôb na základe analýzy genetických sekvencií patogénov. Metóda funguje bez pevných genetických prahov a odhaduje, či sú dva prípady kompatibilné s nedávnym prenosom infekcie. EpiLink simuluje pravdepodobné scenáre nedávneho prenosu s ohľadom na neistotu v čase infekcie, oneskorení testovania a hromadení mutácií. Metóda bola testovaná na syntetických a empirických údajoch z epidémie SARS-CoV-2 v Bostone v roku 2020. Existujú dve varianty EpiLinku - jedna s deterministickým hromadením mutácií a druhá so stochastickým prístupom pomocou Poissonovho rozdelenia. Hoci logistická regresia trénovaná na označených údajoch o prenose dosahovala lepšie výsledky, EpiLink dosiahol porovnateľnú presnosť pri zhlukovaní. V bostonských údajoch EpiLink úspešne identifikoval zhluky spojené s dokumentovanými ohniskami na konferenciách a v domovoch sociálnych služieb.