UKBAnalytica: integrovaný R balík pre škálovateľnú fenotypizáciu a reprodukovateľnú epidemiologickú analýzu v rámci UK Biobank Research Analysis Platform

UKBAnalytica je rozšíriteľný R balík určený na analýzu údajov z UK Biobanku, ktorý obsahuje údaje približne 500 000 účastníkov. Balík zahŕňa 52 preddefinovaných základných premenných a knižnicu 331 kurátorských definícií chorôb založených na údajoch z ICD-10, ICD-9, vlastných hlásení pacientov, registrov úmrtí, algoritmicky definovaných výsledkov a procedúrnych kódov OPCS-4. UKBAnalytica rozlišuje prevalentné a incidentné prípady, konštruuje čas sledovania a generuje analýzou pripravené súbory údajov o prežívaní. Balík poskytuje integrované moduly pre epidemiologickú analýzu, analýzu omiky a modelovanie založené na strojovom učení. Praktická užitočnosť balíka bola demonštrovaná na príklade štúdie chronickej obštrukčnej choroby pľúc (COPD) s proteomickou analýzou. Výsledky sa zhodujú s predchádzajúcimi zisteniami, čo potvrdzuje robustnosť a spoľahlivosť analytického rámca.