Multilokusová kvantifikácia metylácie na úrovni panelu v natívnej bezstankovej DNA pomocou PCR-kompatibilného sekvenčného enzymatického spracovania

Článok predstavuje novú metódu nazvanú Delta-HLD, ktorá meria metyláciu DNA priamo v natívnej bezstankovej DNA bez potreby konverzie báz. Metóda využíva sekvenčnú hybridizáciu, ligáciu a metyláciu-citlivú digestáciu, pričom všetky signály pochádzajú z jedného PCR čítania. Výskumný tím optimalizoval veľkosť a zloženie panelu pomocou modelovaných experimentov a implementoval metódu ako triplex qPCR pracovný postup s internými kontrolami. Testy na krvnej plazme ukázali diskriminačný signál pri kolorektálnom karcinóme a prenositeľnosť na hepatocelulárny karcinóm. Dodatočné experimenty s trombocytmi identifikovali stratégiu na zvýšenie obnovy analyzovateľných cirkulujúcich šablón a zníženie rozpoznávania genomickej DNA.