Rýchla detekcia virálneho genómu pomocou TWIST Capture a Nanopore Flongle sekvenovania

Článok opisuje novú metódu na rýchlu detekciu virálnych patogénov kombinovaním TWIST Comprehensive Viral Research Panel, ktorý pokrýva viac ako 3 000 druhov vírusov, s Oxford Nanopore Flongle sekvenovaním. Táto metóda umožňuje nezaujatú detekciu vírusov vrátane neobvyklých alebo divergentných druhov, čo je výhodou oproti konvenčným PCR testom, ktoré detekujú len špecificky zacielené vírusy. Pracovný postup zahŕňa syntézu cDNA, konverziu dsDNA, obohacovanie pomocou TWIST sond a Nanopore sekvenovanie. Pri testovaní na paneli QCMD 2024 Viral Metagenomics EQA boli detegované všetky očakávané ciele, pričom osem z trinástich vírusov dosiahlo pokrytie genómu minimálne 90 percent. Metóda úspešne rozlíšila zmiešané infekcie DNA a RNA vírusov a celý pracovný postup od extrakcie nukleových kyselín po získanie sekvenčných údajov trval tri dni.