Objavovanie štrukturálnych variantov a ich diagnostický vplyv pri vzácnych chorobách pomocou krátkych a dlhých čítaní sekvencovania

Vzácne choroby spolu postihujú približne 1 z 10 ľudí, avšak súčasné genetické testovanie nedokáže identifikovať príčinnú variantu vo väčšine prípadov. Výskum zahŕňal 1 462 rodín (3 450 jedincov) a pomocou sekvencovania s krátkymi čítaniami bolo diagnostikovaných 5,4 % prípadov so štrukturálnymi variantmi (79 z 1 462), z ktorých 80 % bolo detegovaných iba touto metódou v porovnaní so štandardnými cytogenetickými technikami. Pre 96 rodín bolo vykonané sekvencovanie s dlhými čítaniami s metyláciou profilu a transkriptomickou analýzou. Sekvencovanie s dlhými čítaniami odhalilo viac ako 25 000 štrukturálnych variantov na genóm, z ktorých 63 % nebolo zachytených krátkym sekvencovaním. Dodatočný diagnostický prínos dlhého sekvencovania bol však iba 1,04 % (1 z 96 rodín). Výsledky zdôrazňujú významný vplyv komplexného objavovania štrukturálnych variantov pri vzácnych chorobách, ale zároveň ukazujú potrebu rozsiahlejšej anotácie funkčného a klinického vplyvu variantov dostupných iba dlhému sekvencovaniu.