Smerom k robustnému protokolu izolácie celulárne voľnej DNA pre NGS aplikácie v klinickom molekulárnom diagnostickom prostredí

Celulárne voľná DNA (cfDNA) uvoľňovaná z apoptotických a nekrotických buniek do telesných tekutín predstavuje neinvazívny zdroj genetických informácií na predpovedanie, diagnostiku a monitorovanie chorôb. Nízka fyziologická hojnosť cfDNA ju však robí vysoko náchylnou na pred-analytické vplyvy, najmä kontamináciou genomickou DNA z lysovaných bielych krviniek. Štúdia hodnotila vplyv rôznych skúmaviek na zber krvi a metód izolácie na stabilitu a výťažok cfDNA. Vzorky krvi od 13 zdravých darcov boli zbierané pomocou skúmaviek stabilizujúcich cfDNA (Streck a Sarstedt) a skladované pri izbovej teplote 1, 5 alebo 10 dní. CfDNA bola extrahovaná pomocou magnetických guličiek alebo silikónových stĺpcov. Skúmavky Streck udržiavali stabilný výťažok cfDNA a charakteristické fragmentačné profily počas všetkých časov skladovania, zatiaľ čo skúmavky Sarstedt vykazovali znížené koncentrácie po 5 dňoch a výrazný nárast po 10 dňoch s vysokomolekulárnou DNA. Výsledky ukazujú, že chémia skúmavky na zber krvi kriticky ovplyvňuje integritu cfDNA pri oneskorenom spracovaní.