Výzvy pri klasifikácii PKD1 missense variantov v autosomálne dominantnej polycystickej chorobe obličiek

Autosomálne dominantná polycystická choroba obličiek je najčastejšia monogénna choroba obličiek, ktorá je väčšinou spôsobená variantmi v géne PKD1. Výskum analyzoval 389 missense variantov PKD1 hlásených ako patogénne alebo pravdepodobne benígne v databázach ClinVar a PKDB. Pomocou kritérií ACMG/AMP bolo zistené, že 346 z 389 variantov (89 percent) bolo preradených na varianty neznámeho významu. Z piatich testovaných počítačových nástrojov na predpovedanie patogenicity dosiahol REVEL najvyššiu citlivosť 62 percent so špecifickosťou 79 percent. AlphaMissense nesprávne neklasifikoval žiadny variant, ale mnohé jeho skóre boli medzi prahovými hodnotami. Záver ukazuje, že väčšina PKD1 missense variantov sa klasifikuje ako varianty neznámeho významu a bežne používané počítačové nástroje nie sú spoľahlivé pri rozlišovaní patogénnych a benígnych variantov.