Automatizované linky na plnenie sú optimalizované pre vysokoobjem komerčnú výrobu s tisíckami jednotiek za hodinu, ale pre ranostupňové a malé šarže často vedú k dlhším časom začatia. Automatizované linky vyžadujú zložité inžinierske štúdie, testovanie parametrov plnenia, zastavovania a krimpovacích procesov, čo môže trvať týždne. Zmeny súčastí sú drahé a majú dlhé lehoty dodania. Manuálne aseptické plnenie v izolátoroch je flexibilnejšie a nevyžaduje také rozsiahle prípravné štúdie. Manuálne linky majú minimálne požiadavky na zmenu formátu, menší rozsah zariadení a jednoduchšie čistenie. Menšie ranostupňové šarže často nemajú prioritu na automatizovaných linkách, ktoré sú prioritizované pre fázu III a komerčné spustenia. Pre klinické programy s obmedzeným množstvom aktívnej zložky je manuálne plnenie často rýchlejšou cestou k začatiu výroby.