TLS-Tractor: Rámec transferového učenia na zahrnutie súhrnných štatistík do lokálne ancestry-vedomého GWAS v zmiešaných populáciách

TLS-Tractor je nová metóda transferového učenia určená na analýzu genetických asociácií v populáciách s nedávnym zmiešaním rás. Metóda kombinuje externé súhrny štatistík z GWAS štúdií s individuálnymi údajmi pomocou zovšeobecnenej metódy momentov, čím prekonáva obmedzenia pôvodnej metódy Tractor. V simuláciách TLS-Tractor správne kontroloval chyby typu I, presne odhadoval efekty špecifické pre jednotlivé ancestry a zvýšil štatistickú silu v porovnaní s metódou Tractor používajúcou len interné údaje. Analýzy s údajmi od afroamerických a európskych účastníkov z projektu All of Us spolu so štatistikami z Million Veteran Program potvrdili tieto výhody. Lokálna ancestry korekcija zlepšila kalibráciu, lokalizáciu a interpretáciu výsledkov. Nový balík tlstractor v jazyku R je 200-krát rýchlejší pri extrakcii lokálnych ancestry segmentov a 4 až 32-krát rýchlejší pri testovaní asociácií v porovnaní s pôvodnou implementáciou.