Molekulárna epidemiológia HIV v africkom epidémii s klesajúcou incidenciou, ale vysokou prevalenciou: Longitudinálna, populačne založená štúdia v Ugande

Štúdia analyzovala HIV sekvencie a údaje z Rakai Community Cohort Study z rokov 1994 až 2019 v Ugande, kde sa HIV incidencia znižuje napriek vysokej prevalencii. Medzi decembrom 2016 a májom 2019 bolo 474 z 4 215 účastníkov novo diagnostikovaných s HIV. Výskumníci identifikovali 649 fylogenických klastrov a 673 geografických reťazcov prenosu. Väčšina klastrov bola malá s mediánom veľkosti 2 až 3 jedincov. Iba 17,1 % nových diagnóz malo vonkajší pôvod, zatiaľ čo 82,9 % bolo spojených s lokálnymi reťazcami. Zmiešané subtypy a rekombinantné reťazce mali vyššie reprodukčné čísla (0,84) ako jednotlivé subtypy (0,55–0,63), ale všetky boli nižšie ako jedna. Výsledky naznačujú, že HIV prenos je fragmentovaný v mnohých pomalých lineážach udržiavaných lokálnymi klastrami s občasným vonkajším zavlečením.