CAST ako špecifický tumor-supresor v kolorektálnom karcinóme: Objavenie prostredníctvom integratívnej analýzy neanotovaných izoforiem, proteomiky a epigenetickej regulácie

Kolorektálny karcinóm zostáva jednou z hlavných príčin mortality na rakovinu na celom svete. Výskumníci použili jednobunkové dlhé sekvenčné čítanie, proteomiku a analýzu metylácií DNA na identifikáciu nových génov v kolorektálnom karcinóme. Analýza 29 429 izoforiem z 3 262 buniek odhalila 3 338 nových izoforiem, z ktorých 3 kandidáti boli špecifickí len pre nádory. Gén CAST (Calpastatin) vykazoval 63,1-násobne vyššiu expresiu v nádorovom tkanive (2,62) v porovnaní s normálnym hrubým črevom (0,03). Mutačná analýza 100 vzoriek kolorektálneho karcinómu odhalila 8 škodlivých mutácií. Analýza metylácií promotéra u 393 vzoriek nádorov ukázala, že 89,3 % bolo hypometylovaných, čo naznačuje reaktiváciu génu. Expresia CAST bola negatívne korelovaná s metylációu promotéra a regulovaná rodinou miR-200.