Primárna motorická kôra mozgu zohráva dôležitú úlohu pri kontrole bolesti. Výskum na pacientoch s fibromyalgiou a artritídou kolena pomocou elektroencefalografie a transkraniálnej magnetickej stimulácie ukázal, že schopnosť motorickej kôry kompenzovať bolesť nie je pevný stav, ale závisí od alostáznej záťaže organizmu. Špecifická kombinácia mozgových signálov (centrálna theta asymetria a intrakortikálna inhibícia) mala rozdielny vzťah k symptómom v závislosti od úrovne alostáznej záťaže. Nový index založený na princípoch homeostázy predpovedal zlepšenie po rehabilitácii lepšie ako základná závažnosť príznakov. U pacientov, ktorí sa zlepšili po rehabilitácii, sa tento index znížil a mozgové signály sa prispôsobili. Výskum preukazuje, že alostázna záťaž znižuje kompenzačnú schopnosť motorickej kôry, ktorú je však možné obnoviť rehabilitáciou.