Rámec analytickej validácie genomických DNA-založených shotgun metagenomických workfloov next-generation sekvenovania

Článok predstavuje metodiku na analytickú validáciu metagenomického next-generation sekvenovania (mNGS), ktoré sa čoraz viac používa ako rýchla a nezaujatá alternatíva k detekácii patogénov založenej na kultivácii. Výskumný tím vyhodnotil výkonnosť PaRTI-Seq mNGS workflowu, ktorý zahŕňa depleci hostiteľskej DNA, extrakciu DNA, prípravu knižnice a bioinformatickú analýzu. Analytická citlivosť na úrovni knižnice bola testovaná pomocou DNA z piatich mikroorganizmov vrátane Enterobacter hormaechei, Candida albicans a Mycobacterium smegmatis. Výsledky ukázali, že workflow dosahuje limit detekcie od 1 CFU pre E. hormaechei až po 3 702 CFU pre M. smegmatis. Pri aplikáciách na mikrobiom workflow udržal konzistentnú bakteriálnu diverzitu až do 5 ng vstupnej DNA. Štúdia poskytuje praktický a všeobecne použiteľný rámec pre analytickú validáciu mNGS workfloov v diagnostických a mikrobiomických aplikáciách.