Sekvenčná analýza odpadných vôd umožňuje rozsiahle monitorovanie patogénov a rezistentnosti v Lagose, Nigéria

Výskumníci analyzovali odpadné vody z otvoreného kanalizačného systému v Lagose v Nigérii počas júla a augusta 2024 pomocou metageномickej sekvenácie. Objavili rozmanitú virómu dominovanú enterovírusmi, astrovírusmi a kalicivírusmi, ako aj čiastočné a takmer úplné genómy patogénov predstavujúcich verejnozdravotné riziko, vrátane norovírusov a enterovirózov. Okrem vírusov detegovali aj bakteriálne patogény vrátane Vibrio cholerae a zoonóznych patogénov ako Streptococcus suis. Analýza odhalila aj prítomnosť génov antimikrobiálnej rezistentnosti, vrátane rezistentnosti na aminoglykozidy, beta-laktámy a fluorochinolóny. Výsledky preukázali užitočnosť tejto metódy na monitorovanie patogénov v populácii a vytvorili základnú charakteristiku rozmanitosti patogénov v regióne.